הקינסיולוגיה החינוכית ככלל ושיטת תרגילי מוח  (®Brain Gym) בפרט, מניחות שאתגרים דומים עומדים בפני רוב בני האדם אך הפתרונות לעולם יהיו אישיים וייחודיים לכל אחד ואחת.
התהליך המובנה בשיטת תרגילי מוח נקרא איזון ומתבסס על השגת תיאום בין יכולות פיזיות, מצב התפתחותי, צרכים רגשיים ומטרות הגיוניות. במסגרת תהליך האיזון התלמיד בוחר תפקוד אישי (מנטאלי, קוגניטיבי או מוטורי), אותו הוא מעוניין לשפר בנסיבות מוגדרות. תוך כדי התקדמותו בתהליך האיזון, התלמיד מחזק, משפר ומשתמש במיומנויות 'שימת לב' המאפשרות לו לחוות בעוצמה את השינויים  הנלווים להתקדמות התהליך עד להשגת השיפור התפקודי הנבחר (המטרה).
תהליך האיזון מתאפיין במבנה מוגדר המאפשר שילוב של יצירתיות וספונטאניות. גמישות זו פותחת אותו למעשה למגוון רחב של קהלי ייעד בגילאים שונים.
הנחת העבודה של שיטת תרגילי מוח היא שניתן בעזרת תנועות פיסיות פשוטות המתבצעות במסגרת תהליכי הדמיה, לשחרר "חסמים" וליעל תהליכי למידה ותפקוד.  התנועות גורמות לעירור של מרכזים תפקודיים במוח ומשפרות את הקישור, התאום והחלפת המידע ביניהם.
'ערכה' של מספר תנועות פיסיות המתבצעות בסדר מוגדר,  המוכרת בשם: 'ח.פ.צ. חיים'  'P.A.C.E' - אף נמצאה יעילה ביותר כהכנה להתמודדות עם אתגרים נקודתיים (מעין "שימון" של המערכת),  אולם שינוי ושיפור משמעותי השורד לאורך זמן, מחייב ביצוע תהליך איזון מלא. הניסיון שהצטבר במהלך העבודה עם שיטת תרגילי מוח הצביע על כך ש"התגברות" על קושי נקודתי מסוים משאירה אצל האדם "חותם" חיובי המאפשר לו להרחיב את ההצלחה גם להתמודדות עם אתגרים נוספים.

ככלל, שיטת תרגילי מוח, מקנה נגישות גבוהה למיומנויות טבעיות (המשותפות לכולנו) כמו גם לכישורים תפקודיים וידע אישי ובכך מאפשרת שיפור בביצועים.

דוגמאות לתחומים בהם ניתן ליישם באופן יעיל את שיטת תרגילי מוח:

• שיפור בכישורי שפה - כתיבה, קריאה והבעה
• שיפור ביכולות למידה (מיקוד, ריכוז והתארגנות)
• שיפור במיומנויות תקשורת בין-אישית
• חיזוק הביטחון ושיפור הדימוי העצמי בעת התמודדות עם מבחנים, הצגת נושא בפני קהל או ממונה
• שיפור יכולות מוטוריות - כתב יד, קליעה למטרה, נגינה, הקלדה
• שיפור ביכולות ארגון וניהול למשל בעת בנית תכנית עבודה, ניהול ישיבות, ניהול זמן, ארגון הבית והמטבח, הכנת עבודות אקדמאיות, לימוד חומר חדש
• שדרוג ביצועים בתחומי ספורט שונים וביכולת להתמודד עם אתגרים הדורשים שילוב מאמצים פיזיים ומנטאליים